El CIFP Juan de Colonia se encuentra al norte de la ciudad de Burgos, en el Polígono Docente Río Vena, en la calle Francisco de Vitoria, s/n 09006 Burgos.
Sus enseñanzas y servicios se reparten en dos edificios en la misma calle:
El edificio principal está entre la calle Francisco de Vitoria y la calle Canales, con acceso al centro desde cada una. El acceso principal está en la calle Francisco de Vitoria, hay que atravesar las instalaciones del IES «Camino de Santiago» y CIFP «Simón de Colonia». Para acceder en coche resulta más práctica la entrada desde la calle Canales y el aparcamiento en la plaza San Juan de los Lagos.
El edificio de la Familia de Comercio (antigua Escuela de Arte), compartido con el IES Enrique Flórez y con los EOEPs, a unos 300m. del edificio principal.